オプションの変換タブで「FFMPEGデコーダを使う」にチェックを入れることで、このコーデックを強制的に使って変換を行うことができます。
.aviファイルに問題が発生している場合は、Windows Media Playerでファイルを再生できるか試してみてください。再生できなかった場合はファイルをPrismに読み込んで「その他の情報」欄に書かれているコーデックを確認し、このコーデックをインストールして下さい。コーデックのインストールが完了したら再度ファイルを変換してみて下さい。